但自皇城以北，中軸線向西偏斜2°。在這個偏斜中軸線上的地安門向西偏離子午線200多米，而偏斜的原因在於當時元大都以西以北方向至南面，有最後流經承天門前的金水河形成天然包圍圈，東側有新開通的通惠河作為皇城東界。這樣，不需專門挖掘護城河，皇城四週基本上也已經是深水環繞。為了依靠此天然屏障，皇城修建時也就形成了西大東小的格局。而修建宮城時，也是要體現皇權至上的道理，因而也要修建在全城的中軸線上，這樣，宮城就建在了皇城偏東南方向。
明朝在重修北京城時依舊保留了元朝的南北中軸線，因而明朝在修建皇城和宮城時其東西格局與元朝相比，不可能有多大變化。現在，除了在西南方凹進一角外，明清北京皇城基本按元代的中軸線對稱，從衛星地圖上看北京故宮可以明顯發現其西斜，但北部偏斜的中軸線被矯正過來。